选择种犬时要从品种、体形、毛色、年龄、血统、健康、气质等方面作出正确的判断。只有通过择优汰劣、去粗取精、优势互补，才能培育出品质优秀的纯种萨摩耶。
♦物色健壮的配种犬
任何作交配用的萨摩耶必须无遗传方面的任何毛病，我们应细察其血统证明书，根查其祖宗三代。萨摩耶犬的有些问题是人为的毛病，比如犬主不懂养犬方法，管理不善，环境不当，便会繁育出一批不健康的问题狗。不健康的狗不宜拿来配种，以免祸延其下一代。犬主日常疏懒，不带犬散步或运动，很易导致萨摩耶犬四肢细小和脱毛，或毛色差、肥胖等。不适当的训练与管理，可导致狗儿的骨骼结构不正常，躯体结构不紧凑，不呈方形，不合比例等。有些缺点会遗传给下一代，有的缺点虽然不会遗传给下一代，但若是雌犬，则可能对其怀孕有影响。饲养种犬的地方要空气流通，避冷风。凡作为交配的几头雄犬，不宜养在一起。它们进行交配前数小时应先吃一大餐，同时作短跑，作用是松弛其神经，有如先作热身运动;切勿饿着肚子交配，也不要跑得太远，以免雄犬过于疲乏。
♦选种要预防情绪遗传病
萨摩耶犬不但要外形看起来美丽高贵，最重要的还是心理健康和没有情绪遗传缺陷与毛病。狗也有“内在美”，不是像人一样讲究气质与个性，而是注重其情性与心理健全。德国和美国的优生学专家都证明：犬的情绪不稳定同样可以遗传，这是因其脑部的细胞组织与结构不健全或有缺陷所致。很多繁殖萨摩耶的爱好者，都没有足够的遗传学知识。现在最大的配种问题，是一些萨摩耶犬的隐性缺陷会遗传，而其反常的情绪和脾气也会遗传，繁育出的后代极为情绪化。
所谓犬的情绪化，其实范围很广泛。主要的表现是极为神经紧张，有时甚至引致细胞不正常，或者易发狂，失去自制力。千万不要饲养有情绪遗传缺陷的犬只，这既让你及家人得不到安乐，又让其繁育出的幼犬品质差而价值低。